ヒポクラテス号に乗って下水道をさまようジオ、ケイ、スリ。ピピとノウ博士は3人を捜すために奮闘する。しかし、次々と現れる巨大なゴミと突然の大雨によって、ヒポクラテス号は新たな危機に直面する。果たして3人は無事に下水道から脱出できるのか。そしてスリの言う「下水道の怪物」は存在するのか？