ある日、水族館を訪れたエッグ博士たち。そこには体調を崩したアカボウクジラという希少なクジラがいた。スタッフから「助けてほしい」と依頼されたエッグ博士たちは、原因を探るために海へと向かう。深海の生き物たちを観察しながら、解決法を見つけるため、エッグ博士たちが奮闘する。クジラのほかにもダイオウイカや深海クラゲも登場！楽しく読むだけで生物学の基礎が身につきます。