学院を襲った敵を撃退し、給料泥棒から一躍、人気講師になった千年賀者カイト。そんな彼に『愛娘にボーイフレンドが出来た』という、けしからん情報が舞い込む。しかし、その『男友達』は、どこからどう見ても“女の子”で…？命を狙われているワケありな『男友達』イスマイールを救うため、学院を出た彼らだったが…イスマを狙う敵に、カイトの正体を知る錬金術師の登場、ホムンクルス製造のレシピをめぐる遺跡探検！波乱の親子旅がスタートー！？