1991年、東京ーー。万能の願望機とされる聖杯を巡り、各陣営は命がけの戦いを繰り広げていた。 そんな中、神王・ライダーは巨大な神殿構造体を東京湾上に出現させ、セイバー・アーチャー・ランサーの3騎に宣戦布告を行う。 東京を灰燼に帰すことさえ厭わないライダーを倒すべく、決戦へと挑むセイバー。 アーチャーもまた、マスターであるエルザの願いを受け、ランサーと共に巨大神殿へと赴くのだった。 3騎のサーヴァントが神王・ライダーに挑む！ 「Fate/Prototype」のスピンオフノベル第4弾!!