環太平洋沖に突如現れ、多くの人命を奪って世界中の海域を支配した謎の巨大生物レヴィヤタンー通称レヴ。通常兵器では到底歯が立たない怪物に対抗するべく、人類が生み出したのは、レヴの死骸からなる機体に子供を乗せて戦わせる人型兵器“ギデオン”だった。地方の民間ギデオン搭乗者として働いていた高校生・善波アシトと、その幼馴染の宮園エリン。ある日、二人のもとに、戦闘指導官として国連軍のエリート・風織ユアが現れる。境遇の違いから、初めは衝突し、すれ違っていた三人も、厳しい任務の中で、やがて確かな信頼関係を築いていく。そして、死と隣り合わせのレヴとの交戦の中で、アシトは覚醒の時を迎えー。海と喪失を巡るロボットジュブナイル。