名探偵・明智小五郎とともに、宿敵怪人二十面相を見事とらえた少年探偵団。小林芳雄少年率いる彼らの前に、今度は「黒い魔物」が立ちはだかる。そのばけものは男か女か性別不明。いたるところで不気味に現れ、東京じゅうを不安に陥れているのだった。そこに少年探偵団は単なるいたずらではない犯罪の匂いを嗅ぎ当てる。そして、その読みの正しかったことが次第に明らかになっていく！小学上級から。