動物は人間と並ぶ知能を得て独立を試みるが、人間はそれを受け入れずに戦争を起こした。 長く続いた戦闘の後、西暦2333年、動物と人間との間は冷戦状態にある。 動物王国の首都・動物城一番の探偵・ブレーメンのもとに、ワニのネロ将軍がやって来た。 人類から派遣された大使が殺害されたという。 いち早く真犯人を見つけ、正しい手はずで公表しなければ、新たな戦争につながりかねない。 ブレーメンはカエルのアグアとともに不可解な事件の調査に乗り出す。