木ノ葉の里を突如として襲った、謎の忍者集団、空忍！ナルトたちは医者・神農とその弟子・アマルとともに、被害にあった村を目指すが、謎の遺跡で邪悪なチャクラに遭遇！絶体絶命のピンチに、サスケが姿を現した！彼の目的とは！？ナルトとサスケの運命が動き出す。