いつごろからだろうか「めんどーくせぇ」と言わなくなったのは…？忍界大戦から二年、木ノ葉の重要人物として、シカマルは日々を慌ただしく過ごしていた。ある日、各地から忍が大量失踪しているという報告が入る。サイも消えた。消えた忍の行く先は、謎の帝国『黙の国』…。忍として、大人として、背負うものを守るため、シカマルは新たな時代の影と戦うことになる。