「私立ユーカリの葉学園」学園祭最終日の夜、『放課後ひみつクラブ』の蟻ケ崎さんと猫田くんは、ある音を聴いたとたん次々と倒れる生徒たちを目撃!! 現場を立ち去る怪しい人影を追った二人が辿り着いたのは生徒会室。集団催眠を企て、生徒たちをゾンビ化する黒幕の正体は…!? 学園に潜む数多のヒミツをミッケる蟻ケ崎さんと猫田くん、次の相手は、漫画研究会、映画部、そして…!?