ボルトとカワキの立場が逆転した「大異変」から3年。コードが操る十尾が自我を持つ「神樹」へと進化し、世界の新たな脅威に！ サスケも「木」に取り込まれて…。再び里に戻ったボルトだが、そこにミツキの急襲が…!?