下町の居酒屋にかかってきた１本の電話ー。二十三年ぶりにオメガ・エージェントの極秘ミッション「コベナント」が発動され、スパイ小説好きの俺は、元凄腕エージェントの白川老人と行動を共にするはめになる。オメガの復活を阻止すべく、敵対するアルファ・エージェントの殺し屋たちが次々と俺たちに襲いかかる。だが、何かがおかしい。裏切り者は誰か？誰が味方で誰が敵なのか、誰にもわからない。そして、裏切られた裏切り者とは…！？