警部補の惨殺事件が発生。警視庁は特別捜査本部を設置し、組対の垣崎、楢山らが捜査に乗り出す。一方刑事局長の瀬田は、殺人罪で服役中の影野竜司に極秘の任務を依頼する。やがて動き出す謎の教団アレースー新宿、そして竜司がいる刑務所を爆破し、警視総監に聖戦が布告される…。超法規的、過激な男たちが暴れ回るシリーズ第二弾。