スパイ集団「ナンバー」に所属するエイトとナナ。ふたりはりっぱなスパイになるべく修行中！…まはずだったが…「今日も任務がなくてヒマだなあ」退屈な日々を送っていた。そんなふたりのもとに、ある緊急の任務が飛びこんでくる。「先輩ののこした暗号をときながら、町の研究所へ潜入せよ！」ふたりは無事に任務を果たすことができるのかー！？