中学生の啓太が住む日本の首都は大阪、東京への首都移転問題が話題になっている。啓太は、この生活に違和感を感じていた。ある時、塾友達のナツキ、純也と啓太の三人は「歴史家の天国」と呼ばれる奇妙な空間へ招かれる。そこで水戸光圀から、関ヶ原合戦の結果が変わり、歴史が改変してしまったことを知らされ、歪みを戻してほしいと頼まれる。彼らは直ちにタイムスリップ、歴史修復の冒険が始まった。