町はずれの廃墟に、ろう仮面の紳士が入っていった。後をつけていた少年探偵団員二人の目の前で上着とシャツをぬいだその男は、なんと透明人間だった！目に見えない透明怪人が連日事件を引き起こし、東京中を震え上がらせる。怪人の出現に、明智探偵と少年探偵団は…。