東京のデパートの宝石展で、「志摩の女王」という真珠の宝塔が盗み出された。盗み出した泥棒は、アドバルーンで大空へと逃げてゆく。そして今度は、「灰色の巨人」と名乗る怪人が、「にじの宝冠」を盗み出す。次々と起こる怪事件に少年探偵団が挑む。